Miałem podobny problem i pobrałem jar z http://mvnrepository.com/artifact/org.freemarker/freemarker, który zadziałał dobrze.
Gdy spojrzysz na build.gradle w projekcie DaoGenerator znajdziesz zależność, która wskazuje dokładnie na ten artefakt. Wydaje mi się, że użycie gradle do zbudowania projektu automatycznie pobiera te zależności, tak jak robi to maven. Jeśli nie chcesz ich używać, prawdopodobnie wystarczy pobrać i ręcznie dołączyć artefakty.
