Odpowiedziałem dzisiaj na pytanie dość zbliżone do tego - plik czy baza danych? - Najlepsza praktyka zapisywania obiektów na urządzeniu z systemem Android. Chciałem dodać, że jeśli wstawianie 5000 wierszy trwa zbyt długo, spróbuj dodać je wszystkie w jednej transakcji lub użyj mechanizmu ładowania zbiorczego. Warto spróbować rozwiązać problem z wstawianiem zamiast próbować używać plików.
Zobacz samouczek dotyczący zbiorczego ładowania SQLite