Jak zmienić nazwę przesłanego pliku przed zapisaniem go w katalogu?

Możesz po prostu zmienić nazwę pliku, zmieniając nazwę pliku w drugim parametrze move_uploaded_file .

Zamiast

move_uploaded_file($_FILES["file"]["tmp_name"], "../img/imageDirectory/" . $_FILES["file"]["name"]);

Użyj

$temp = explode(".", $_FILES["file"]["name"]);
$newfilename = round(microtime(true)) . '.' . end($temp);
move_uploaded_file($_FILES["file"]["tmp_name"], "../img/imageDirectory/" . $newfilename);

Zmienione w celu odzwierciedlenia Twojego pytania, wygeneruje losową liczbę w oparciu o aktualny czas i doda rozszerzenie z pierwotnie przesłanego pliku.