Nowe wersje MySQL WorkBench mają opcję zmiany określonych limitów czasu.
U mnie było to w Edycja → Preferencje → Edytor SQL → Czas odczytu połączenia DBMS (w sekundach):600
Zmieniono wartość na 6000.
Również niezaznaczone wiersze limitów, ponieważ wprowadzanie limitu za każdym razem, gdy chcę przeszukać cały zestaw danych, staje się męczące.