Jak ustawić parametry ORDER BY za pomocą przygotowanej instrukcji PDO?

Tak, utknąłeś wstawiając go bezpośrednio do SQL. Oczywiście z pewnymi środkami ostrożności. Każdy operator/identyfikator musi być zakodowany na stałe w twoim skrypcie, na przykład:

$orders=array("name","price","qty");
$key=array_search($_GET['sort'],$orders);
$order=$orders[$key];
$query="SELECT * from table WHERE is_live = :is_live ORDER BY $order";

To samo dla kierunku.

Napisałem funkcję pomocniczą białej listy do wykorzystania w takich przypadkach, znacznie zmniejsza ilość kodu, który należy napisać:

$order = white_list($order, ["name","price","qty"], "Invalid field name");
$direction = white_list($direction, ["ASC","DESC"], "Invalid ORDER BY direction");

$sql = "SELECT field from table WHERE column = ? ORDER BY $order $direction";
$stmt = $db->prepare($sql);
$stmt->execute([$is_live]);

Pomysł polega na tym, aby sprawdzić wartość i zgłosić błąd, jeśli nie jest poprawny.