Nie możesz ich po prostu oddzielić średnikiem?
Delete from messages where messageid = '1';
Delete from usersmessages where messageid = '1'
LUB
Po prostu użyj INNER JOIN jak poniżej
DELETE messages , usersmessages FROM messages INNER JOIN usersmessages
WHERE messages.messageid= usersmessages.messageid and messages.messageid = '1'
