Czy w Apache Spark 2.0.0 można pobrać zapytanie z zewnętrznej bazy danych (zamiast pobierać całą tabelę)?

Tak samo jak w 1.x możesz przekazać prawidłowe podzapytanie jako dbtable argument na przykład:

...
.option("dbtable", "(SELECT foo, bar FROM schema.tablename) AS tmp")
...