Nie możesz powiązać parametru dla klauzuli IN w ten sposób. Ciąg $myArray będzie liczony tylko jako jedna wartość, tak jakbyś to zrobił:
SELECT foo FROM bar WHERE ids IN ('1,2,3')
Mimo że istnieją trzy wartości oddzielone przecinkami, baza danych odczytuje je jako tylko jedną wartość ciągu.
Musisz ręcznie wstawić listę IN do zapytania, w staromodny sposób.
'SELECT foo FROM bar WHERE ids IN (' . $myArray .')'
Niestety nie ma innej drogi. Przynajmniej na razie.