Spróbuj użyć SQL_NO_CACHE (MySQL 5.7) w zapytaniu. (Użytkownicy MySQL 5.6 klikają TUTAJ )
np.
SELECT SQL_NO_CACHE * FROM TABLE
Spowoduje to zatrzymanie buforowania wyników przez MySQL, jednak należy pamiętać, że inne pamięci podręczne systemu operacyjnego i dysków również mogą mieć wpływ na wydajność. Są trudniejsze do pokonania.