Po prostu natknąłem się na ten problem. Musiałem dodać LOCAL do mojej instrukcji SQL.
Na przykład daje to problem z uprawnieniami:
LOAD DATA INFILE '{$file}' INTO TABLE {$table}
Dodaj LOCAL do Twojego oświadczenia, a problem z uprawnieniami powinien zniknąć. Tak:
LOAD DATA LOCAL INFILE '{$file}' INTO TABLE {$table}