Jak obciąć tabelę z ograniczeniami klucza obcego?

Tak, możesz:

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;

TRUNCATE table1;
TRUNCATE table2;

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;

Korzystając z tych instrukcji, ryzykujesz wpuszczenie wierszy do tabel, które nie są zgodne z FOREIGN KEY ograniczenia.