Oficjalne repozytorium PHP ma skrypt o nazwie docker-php-ext-install
https://github.com/docker-library/php/tree/master /5.6
Zapomniałeś zainstalować rozszerzenie potrzebne do uruchomienia PDO.
Spróbuj utworzyć obraz dokowany w następujący sposób:
FROM php:5.6-apache
# PHP extensions
RUN docker-php-ext-install pdo pdo_mysql pdo_pgsql