Miałem też ten sam problem w przeszłości. Wszystko wydarzyło się po przeniesieniu plików bazy danych do nowej lokalizacji i aktualizacji serwera mysql. Wszystkie tabele z silnikiem InnoDB zniknęły z mojej bazy danych. Próbowałem je odtworzyć, ale mysql powiedział mi 1146: Table 'xxx' doesn't exist cały czas, dopóki nie odtworzyłem bazy danych i nie uruchomiłem ponownie usługi mysql.
Myślę, że trzeba przeczytać o plikach binarnych tabeli InnoDB.
