Spotkałem się z podobną sytuacją, w której InnoDB został wyłączony po aktualizacji serwera mysql. Zapytanie „pokaż silniki ” nie wyświetlał Innodb . Śledzenie ten link naprawił problem za mnie.
/etc/init.d/mysql stop
cd /var/lib/mysql/
ls ib_logfile*
mv ib_logfile0 ib_logfile0.bak
mv ib_logfile1 ib_logfile1.bak
/etc/init.d/mysql restart
