Aby przekazać NULL do MySQL, wystarczy to zrobić.
INSERT INTO table (field,field2) VALUES (NULL,3)
Więc w swoim kodzie zaznacz if $intLat, $intLng są empty , jeśli tak, użyj NULL zamiast '$intLat' lub '$intLng' .
$intLat = !empty($intLat) ? "'$intLat'" : "NULL";
$intLng = !empty($intLng) ? "'$intLng'" : "NULL";
$query = "INSERT INTO data (notes, id, filesUploaded, lat, lng, intLat, intLng)
VALUES ('$notes', '$id', TRIM('$imageUploaded'), '$lat', '$long',
$intLat, $intLng)";