AFAIK jedynym sposobem wykonywania przyrostowych kopii zapasowych jest użycie dziennika binarnego. Masz inne opcje, jeśli chcesz wykonać pełne kopie zapasowe (innoDB hotcopy), ale przyrostowe oznacza, że musisz rejestrować wszystkie wykonane transakcje.
Musisz zadać sobie pytanie, dlaczego tworzysz kopię zapasową danych. Ponieważ masz urządzenie podrzędne do replikacji, zakładam, że kopia zapasowa służy przede wszystkim do przywracania danych w przypadku przypadkowego usunięcia?
Prawdopodobnie zmieniałbym logi co godzinę i robił kopię zapasową. Oznacza to, że przywrócenie spowodowałoby, że dane miałyby co najwyżej 1 godzinę i można je przywrócić do dowolnego punktu w czasie od ostatniego pełnego zrzutu.