Wydaje się to trochę hackowe, ale będzie działać dla dat między ~ 1970 a 2030 (na 32-bitowym arch). Zasadniczo konwertujesz wartości daty i godziny na liczby całkowite, uśredniając je i konwertując średnią z powrotem na wartość daty i godziny.
SELECT
from_unixtime(
avg(
unix_timestamp(date_one)-unix_timestamp(date_two)
)
)
FROM
some_table
WHERE
some-restriction-applies
Prawdopodobnie istnieje lepsze rozwiązanie, ale to da Ci radę.