Wyjątek hibernacji w zapytaniu łączenia krzyżowego MySQL

Być może nie masz złączeń w takim zapytaniu HQL. Cytat z dokumentacji referencyjnej :

Więc myślę, że coś takiego powinno działać:

delete from Feature F where F.id in 
    (select f2.id from Feature f2 where f2.featuresMetadata.stateGeoId = :stateGeoId)