Warunek SQL WHERE nie jest równy?

Możesz to zrobić

DELETE FROM table WHERE id NOT IN ( 2 )

LUB

DELETE FROM table WHERE id <>  2 

Jak zauważył @Frank Schmitt, warto też uważać na wartości NULL. Jeśli chcesz usunąć wszystko, co nie jest 2 (łącznie z wartościami NULL), a następnie dodaj OR id IS NULL do klauzuli WHERE.