Może powinieneś dodać coś do pustych kolumn, aby były unikalne i pogrupować je? Szukałem jakiejś sekwencji do użycia zamiast UUID(), ale to może działać równie dobrze.
SELECT `table1`.*,
IFNULL(ancestor,UUID()) as unq_ancestor
GROUP_CONCAT(id SEPARATOR ',') AS `children_ids`
FROM `table1`
WHERE (enabled = 1)
GROUP BY unq_ancestor