Możesz spróbować utworzyć wielokolumnowy indeks UNIQUE z kolumną_1, kolumną_2 i aktywnym, a następnie ustawić active=NULL dla wierszy, w których unikatowość nie jest wymagana. Alternatywnie możesz użyć wyzwalaczy (zobacz składnię wyzwalacza MySQL) i sprawdź dla każdego wstawionego/zaktualizowanego wiersza, czy takie wartości są już w tabeli - ale myślę, że byłoby to raczej powolne.
