Powolne zapytanie Mysql:INNER JOIN + ORDER BY powoduje sortowanie plików

Musiałbyś trochę zdenormalizować i skopiować pole posts.created_at do tabeli post_tags (nazwałem je post_created_at, możesz nazwać je, jak chcesz):

CREATE TABLE `posts_tags` (
  `id` int(11) NOT NULL auto_increment,
  `post_id` int(11) default NULL,
  `tag_id` int(11) default NULL,
  `post_created_at` datetime default NULL,
  `created_at` datetime default NULL,
  `updated_at` datetime default NULL,
  PRIMARY KEY  (`id`),
  KEY `index_posts_tags_on_post_id_and_tag_id` (`post_id`,`tag_id`)
) ENGINE=InnoDB;

a następnie dodaj indeks do posts_tags na

(tag_id, post_created_at)

Umożliwi to zapytaniu pobranie wszystkich postów dla znacznika we właściwej kolejności, bez sortowania plików.