Natknąłem się też na
problem za pomocą następującego polecenia
mysqlcheck -u root -p --auto-repair -c -o --all-databases
To, co zrobiłem, a to dlatego, że jestem leniwy lol, uruchomiłem wszystko osobno i użyłem -r
do naprawy zamiast --auto-repair
mysqlcheck -u root -p -r --all-databases
mysqlcheck -u root -p -c --all-databases
mysqlcheck -u root -p -o --all-databases