Problem dotyczy adaptera PHP, którego używasz do komunikacji z Mysql. O ile widzę, używasz adaptera PDO do pobrania wyniku zapytania. Jednak ten adapter nie obsługuje ułamków sekund (RRRR-MM-DD GG:MM:SS.F).
Adapter PDO obsługuje RRRR-MM-DD HH:MM:SS i automatycznie formatuje wartości kolumn datetime do tego formatu.
Jest to błąd w samym adapterze PDO. Znajdź poniższy link w celach informacyjnych:http://grokbase.com/t/php/php-bugs/11524dvh68/php-bug-bug-54648-new-pdo-forces-format-of-datetime-fields
