Do tego zadania dostępnych jest kilka pakietów:
Gruszka :http://pear.php.net/package/SQL_Parser (nadal dość nowy)
txtSQL :http://sourceforge.net/projects/txtsql
Przetwarzanie PHP-SQL :http://code.google.com/p/php-sql-parser / (jak wspomniano w PO). Wydaje się, że jest to najsolidniejszy z tych trzech (z pewnością najlepiej udokumentowany)