Po dłuższym kopaniu (czytaj googlowanie), znalazłem problem i rozwiązanie tutaj
Podsumowując, gdy witryna A akceptuje żądanie, php ładuje swoje zmienne .env przez całą długość żądania http. Podczas tego żądania, gdy witryna A wywołuje witrynę B, ponieważ znajdują się one na tym samym serwerze z tym samym php, php nadal używa .env z witryny A i w ogóle nie ładuje oddzielnie pliku .env witryny B.
Lepsze wyjaśnienie autora: