Json koduje cały zestaw wyników mysql

Na Twoim miejscu nie zrobiłbym json_encode każdą pojedynczą tablicę, ale połącz je razem, a następnie json_encode scalona tablica na końcu. Poniżej znajduje się przykład użycia 5.4 składnia krótkiej tablicy:

$out = [];
while(...) {
  $out[] = [ 'id' => $i, 'name' => $row['name'] ];
}
echo json_encode($out);