Nie polecałbym ograniczania liczby wierszy w tabeli SQL, chyba że masz bardzo dobry powód, aby to zrobić. Wygląda na to, że lepiej byłoby użyć zapytania takiego jak:
select top 1000 entityID, entityName from TableName
zamiast fizycznie ograniczać wiersze tabeli.
Jeśli jednak naprawdę chcesz ograniczyć to do 1000 wierszy:
delete from TableName where entityID not in (select top 1000 entityID from TableName)