Spróbuj zacząć od kreatora Percona i porównuj ich rekomendacje z bieżącymi ustawieniami jeden po drugim. Nie martw się, nie ma tak wielu odpowiednich ustawień, jak mogłoby się wydawać.
https://tools.percona.com/wizard
Aktualizacja około 2020 r. :Przepraszamy, to narzędzie dobiegło końca:https://www.percona.com/blog/2019/04/22/end-of-life-query-analyzer-and-mysql-configuration-generator/
Wszyscy wskazują na key_buffer_size pierwszy, do którego się zwróciłeś. Z pamięcią 96 GB obawiałbym się jakiejkolwiek małej wartości domyślnej (prawdopodobnie tylko 96 MB!).
