Tak, możesz wymieniać i wymieniać silniki, takie jak używana bielizna, jeśli chcesz, bez większych problemów. Po prostu zmień to w phpmyadmin.
Ale nie zmieniłbym tego ze względu na zmianę. Czy musisz używać kluczy obcych? Zmień to. Czy potrzebujesz blokowania na poziomie wiersza zamiast blokowania tabeli? Zmień to.
Warto zauważyć, że istnieją również dobre powody, aby używać MyISAM. Spójrz na indeksowanie PEŁNOTEKSTOWE. Nie możesz tego zrobić z InnoDB.
AKTUALIZUJ
Od MySQL 5.6 FULLTEXT został zaimplementowany również dla tabel InnoDB. Oto podręcznik .