Po spędzeniu dnia na tym, odpowiedź jest następująca:
Wordpress ucieka w deklaracji $_POST, a nie w rzeczywistym wstawieniu, co jest dziwaczne.
$id = stripslashes_deep($_POST['id']); //added stripslashes_deep which removes WP escaping.
$title = stripslashes_deep($_POST['title']);
$message = stripslashes_deep($_POST['message']);
$wpdb->update('table_name', array('id'=>$id, 'title'=>$title, 'message'=>$message), array('id'=>$id));
Spowoduje to, że WP nie doda ukośników przed żadnymi cudzysłowami.