Czy tabele są tworzone za pomocą polecenia CREATE TEMPORARY TABLE w pamięci czy na dysku?

To zależy od tego, jaki silnik wybierzesz. Domyślnie dane tabeli będą przechowywane na dysku. Jeśli określisz mechanizm MEMORY, dane będą przechowywane tylko w pamięci.

Powinno być możliwe znalezienie plików utworzonych w systemie plików podczas tworzenia tabel tymczasowych. Po uruchomieniu następujących poleceń:

CREATE TABLE test.table_myisam (x int) ENGINE=MyISAM;
CREATE TABLE test.table_memory (x int) ENGINE=MEMORY;
CREATE TEMPORARY TABLE test.temp_table_myisam (x int) ENGINE=MyISAM;
CREATE TEMPORARY TABLE test.temp_table_memory (x int) ENGINE=MEMORY;

Następnie sprawdziłem katalog:C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.5\data\test (w systemie Windows) i obecne pliki to:

table_innodb.frm   # Table definition.
table_innodb.MYD   # MyISAM table data file.
table_innodb.MYI   # MyISAM table index file.

table_memory.frm   # No MYD or MYI file for the MEMORY engine.

Tabele tymczasowe są przechowywane w C:\Windows\Temp i mają nietypowe nazwy, ale wewnętrznie dane są przechowywane w ten sam sposób.

#sql9a0_7_d.frm    # This is the MyISAM temporary table.
#sql9a0_7_d.MYD    # MyISAM data file for temporary table.
#sql9a0_7_d.MYI    # MyISAM index file for temporary table.

#sql9a0_7_c.frm    # This is the MEMORY engine file. No MYD or MYI.