Zgodnie z dokumentacją MySQL, aby wykonać aktualizację tabeli krzyżowej, nie możesz użyć złączenia (jak w innych bazach danych), ale zamiast tego użyj klauzuli WHERE:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /pl/aktualizacja.html
Myślę, że coś takiego powinno działać:
UPDATE User_Settings, Contacts
SET User_Settings.Contact_ID = Contacts.ID
WHERE User_Settings.Account_ID = Contacts.Account_ID