Wybierz rodziców i dzieci z MySQL

Rodzice to rekordy bez parent_id .
Dzieci mają parent_id równy id komentarza nadrzędnego .

  SELECT ...
    FROM comments AS parent
         LEFT JOIN comments AS child 
         ON child.parent_id = parent.id
   WHERE parent.parent_id IS NULL
ORDER BY parent.id, child.id;

Zwróć uwagę, że sprzężenie własne powinno być sprzężeniem zewnętrznym, aby nie przegapić komentarzy rodziców bez dzieci.