Spróbuj użyć zagnieżdżonego modelu zestawu. Jest to opisane w Zarządzanie danymi hierarchicznymi w MySQL .
Dużą zaletą jest to, że nie musisz używać rekurencji do pobierania węzłów podrzędnych, a zapytania są dość proste. Minusem jest to, że wstawianie i usuwanie zajmuje trochę więcej pracy.
Bardzo dobrze się skaluje. Znam jeden niezwykle ogromny system, który przechowuje hierarchie dyskusji tą metodą.