Jak odpowiednio zamienić identyfikatory działów oddzielonych przecinkami na ich nazwę?

Należy unikać przechowywania danych jako wartości oddzielonych przecinkami i postępować zgodnie z normalizacją.

Jednak w tym przypadku możesz zrobić coś takiego jak

select 
e.id , 
e.name , 
group_concat(d.name) from employee e 
left join department d on find_in_set(d.id,e.department) 
group by e.id ;