Zastosuj ORDER BY na UNION (Mysql)

SELECT *
FROM (
(SELECT * FROM user_relation WHERE from_user_id = 1)
UNION
(SELECT * FROM user_relation WHERE to_user_id = 1)
) AS i
ORDER BY trust_degree

Musisz przypisać alias do swojego wyboru. Ale w tym przypadku UNION nie jest konieczne i można go zastąpić prostym OR , jak wskazuje @Karoly Horvath w swoim komentarzu. Wynikowe zapytanie wyglądałoby tak:

SELECT 
 * 
FROM user_relation 
WHERE from_user_id = 1 OR to_user_id = 1 
ORDER BY trust_degree