Według jednej z odpowiedzi na to pytanie, Twój problem może być spowodowany zmianami w MySQL 5.6 (zobacz InnoDB Notes on http://dev.mysql.com/doc/relnotes/mysql/5.6/en/news-5-6-20.html ):
Czy to pomoże, jeśli zmienisz innodb_log_file_size
? do czegoś większego niż 50M? (Zmiana tej zmiennej wymaga wykonania kilku kroków, aby działała poprawnie: