Powinieneś po prostu robić aktualizację przez takie połączenie
UPDATE
t1 INNER JOIN t2 ON t1.variant_id = t2.variant_id
SET t1.product_code = t2.value
WHERE t2.key_id = 10
AND t2.value IS NOT NULL
W takim przypadku nie ma potrzeby martwić się o wartości null, ponieważ sprzężenie wewnętrzne wybierze tylko wiersze, w których w obu tabelach istnieje identyfikator_wariantu.