Nie możesz mieć dwóch baz danych hostowanych na tym samym porcie TCP. Zamiast tego określ porty dla każdej bazy danych na liście oddzielonej przecinkami:
-instances=project:region:db=tcp:3306,project:region:db-2=tcp:3307
Użyłem tutaj 3306 i 3307, ale możesz użyć dowolnych portów! Upewnij się, że reszta konfiguracji Container Engine umożliwia komunikację między węzłami na tych portach (być może domyślnie tak jest, nie używam GKE).
Większość sterowników mysql domyślnie łączy się z portem 3306, ale mają sposób na określenie innego portu. Musisz ustawić swój kod, aby połączyć się z innym portem wybranym dla drugiej bazy danych.