Miałem dokładnie ten sam problem. Uruchamianie kill polecenie zabije proces, ale w moim przypadku będzie pojawiało się ponownie pod innym identyfikatorem procesu.
Jedyny sposób, w jaki mogłem wymyślić, jak zatrzymać to na dobre, to:
sudo stop mysql
Mam nadzieję, że to pomoże.
Źródło:http://www.itfromscratch.com/ jak-zatrzymac-percona-mysql-server/
