Wielokrotne zapytanie wyboru PHP PDO konsekwentnie upuszcza ostatni zestaw wierszy

Myślę, że nadmiernie komplikujesz rzeczy za pomocą pętli do/while.

Zamiast tego wypróbuj prostą pętlę while:

$pdo = /* connection stuff here */
$sql = "select 1; select 2; select 3; select 4;";
$statement = $pdo->query($sql);

while($rowset = $statement->fetchAll()){
    //do stuff

    $statement->nextRowset();
}

Będzie to kontynuowane w pętli, podczas gdy zestaw wierszy nie ma wartości false, która powinna wtedy działać dokładnie tak, jak oczekujesz.