Usuń wiersze z serwera mysql z listy identyfikatorów C#

Prawdopodobnie użyjesz IN klauzula w Twoim DELETE :

DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (2, 3, 4, 5, ...)

Można to zaimplementować za pomocą String.Join metoda generowania listy:

var query = "DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (" +
    String.Join(",", myArray) + ")";