Ostatecznie rozwiązanie było proste.
Eksportuj z MySQL 5.5. (plik eksportu ma 114 GB)
Odinstaluj MySQL 5.5 (usuń wszystkie pliki danych)
Zainstaluj MySQL 5.6
Importuj dane
Eksportuj z MySQL 5.6 (plik eksportu ma teraz 13 GB)
Odinstaluj MySQL 5.6 (usuń wszystkie pliki danych)
Zainstaluj MySQL 5.6
Importuj dane