Powiedziałbym, że możesz wstawić wiele indeksów we właściwości indexes (ale nie miałem czasu, aby to przetestować):
indexes={
@ORM\Index(name="index_name", columns={"database_column1","database_column2"}),
@ORM\Index(name="index_name2", columns={"database_column1"}),
@ORM\Index(name="index_name3", columns={"database_column2"})
}
Mam nadzieję, że to ci pomoże
