ALTER TABLE ..
może służyć do przenoszenia tabel z jednej bazy danych do drugiej:
alter table my_old_db.mytable rename my_new_db.mytable
Ostrzeżenie:jak prosiłeś, to jest ruch, a nie kopia do nowej bazy danych!
Ale zachowasz dane tabeli (a nie ograniczenia integralności, jeśli mają zastosowanie w twoim przypadku)
Jeśli chodzi o php, php może uruchamiać polecenia sql, więc nie będzie problemu.