Wybierz pierwsze N ​​*grupy* za pomocą mysql

Zamiast tego zrób to jako dołączenie:

SELECT T.*
FROM T join
     (SELECT DISTINCT COMPANY_ID
      FROM T
      ORDER BY 1 DESC
      LIMIT N
     ) TN
     on TN.COMPANY_ID = T.COMPANY_ID;

Sprzężenia jawne często działają lepiej niż in w where klauzula.