Zakładając, że każdy identyfikator pojawia się w obu tabelach (najlepiej tylko raz):
update tmpList inner join table1 using (id) inner join table2 using (id)
set table1.ts = tmpList.ts_value, table2.ts=tmpList.ts_value;
Aktualizacja:po prostu użycie łączeń lewych zamiast łączeń wewnętrznych sprawia, że działa to nawet dla identyfikatorów, które znajdują się tylko w jednej tabeli - nieodpowiednia klauzula set wydaje się po prostu pominięta; Najwyraźniej powinienem był spróbować wcześniej.