Następujące polecenie działało dla mnie w systemie Windows:
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\bin>mysql_upgrade.exe -u root -p --force
Jeśli hasło roota nie jest ustawione, może być konieczne zrobienie tego przed uruchomieniem powyższego polecenia:
mysql> USTAW HASŁO DLA 'root'@'localhost' =HASŁO('coś');