Przypuszczam, że używasz InnoDB (i tak powinieneś...)
Przeczytaj więc następujący rozdział z Wysokowydajnego MySQL 2ed, s.117:http://books.google.com.hk/books?id=BL0NNoFPuAQC&lpg=PA117&ots=COMPBsvA7V%&ots=COMPBsvA7V20%dqed 20index%20high%20performance%20mysql&pg=PA117#v=onepage&q&f=false
Ogólnie rzecz biorąc, UUID jest złym wyborem z punktu widzenia wydajności (ze względu na indeks klastrowy) i mają wzorzec, aby to udowodnić.